一開始您須向左側躺臥,雙腿屈膝置於胸前。醫生會為您注射鎮靜劑,有時也會提供止痛藥。跟著,醫生會把內窺鏡小心地探入肛門,並一直推前直至到達大腸的另一端,有需要時甚至到達小腸的頂端。這或會令您或會感到腹脹及輕微疼痛,一般在數個小時後便會退去。護士或會協助您改變躺臥姿勢,以便讓內窺鏡順暢移動。
體質較弱的長者、小童或青少年、習慣飲酒或服用安眠藥的人士,以及要求在完全沒有感知的情況下進行檢查的人士,或會需要接受監測麻醉(MAC)。
內窺鏡是一條裝有光纖的幼細軟管,檢查過程中,醫生或會注入空氣,方便檢查清楚。若沒有發現特別異常狀況,整個過程一般只需20至30分鐘便可完成。